قصة انمي High School Agent مبني على مانغا من تأليف تانيمورا هيتوشي، التي نُشرت في مجلة Comic Burger. كوسوكي كانيموري مراهق يعمل سرًا كعميل ميداني لصالح شبكة التجسس الدولية VN. وبفضل مهاراته المتقدمة في اختراق الحواسيب وتتبع المعلومات، يشارك في ملاحقة المجرمين الدوليين وإحباط مخططاتهم الخطيرة. وخلال إحدى مهماته، يقوده التحقيق إلى مواجهة جماعة من النازيين الجدد الذين يتوجهون إلى القطب الشمالي في محاولة لانتشال غواصة حربية ألمانية قديمة من طراز يو-بوت. لكن ما يخفونه لا يقتصر على مجرد قطعة من التاريخ، بل يتعلق بسر مظلم وخطير قد يهدد العالم إذا وقع في الأيدي الخطأ. وهكذا ينطلق كوسوكي في مغامرة مليئة بالتجسس والأكشن والأسرار، حيث يتعين عليه كشف الحقيقة وإيقاف مؤامرة قد تكون عواقبها كارثية.